Der Verwaltungsrat setzt sich aus einem Vertreter jedes Mitgliedstaats und sechs Vertretern der Europäischen Kommission zusammen. Die Tagungen des Verwaltungsrats werden von dem aus dem Kreis der Kommissionsvertreter gewählten Vorsitzenden oder dem stellvertretenden Vorsitzenden einberufen. Diese führen den Vorsitz der Tagungen und legen die Tagesordnung fest. Der Verwaltungsrat konstituierte sich auf seiner ersten Tagung am 1. Februar 2006. Auf seiner zweiten Tagung am 14. Juni 2006 in Vigo, Spanien, ernannte der Verwaltungsrat den ersten Direktor der Agentur.
Der Direktor der Agentur und der vom Beirat ernannte Vertreter nehmen an den Beratungen ohne Stimmrecht teil.
Vorsitz: Fabrizio Donatella
Stellvertretender Vorsitz: Yiannos Kiriakou