El Consejo de administración está integrado por un representante de cada Estado miembro y seis representantes de la Comisión Europea. La persona que ostente el cargo de presidente, elegido de entre los representantes de la Comisión Europea, o de vicepresidente convocará y presidirá las reuniones del Consejo y establecerá el orden del día. El Consejo de administración fue constituido en la primera reunión celebrada el 1 de febrero de 2006. Durante la segunda reunión, celebrada el 14 de junio de 2006 en Vigo, el Consejo de administración nombró al primer Director Ejecutivo de la Agencia.
El Director Ejecutivo de la Agencia y el representante nombrado por el comité consultivo participan en las deliberaciones sin derecho de voto.
Presidente: Mr Fabrizio Donatella
Vicepresidente: Mr Yiannos Kyriacou