Le conseil d'administration est constitué d'un représentant de chaque État membre et de six représentants de la Commission européenne. Le président, élu parmi les représentants de la Commission européenne, ou le vice-président convoqueront et présideront les réunions du conseil d’administration (CA), et fixeront son programme. Le CA a été formé lors de sa première réunion, le 1er février 2006. Lors de sa deuxième réunion, organisée le 14 juin 2006 à Vigo, en Espagne, le CA a nommé le premier directeur exécutif de l’Agence.
Le directeur exécutif et le représentant nommé par le conseil consultatif participent aux délibérations, mais n’ont pas le droit de voter.
Président: Mr Fabrizio Donatella
Vice-Président: Mr Yiannos Kiriakou